По всей вероятности, начало деятельности мусульманской школы-мектебе в селе Мраково связано с открытием мечети. Мечеть в с. Мраково существовала уже во второй половине XIX века. В 80-е годы XIX века в Мраковском медресе, как и в других религиозных школах, произошли изменения в содержании всего учебно-воспитательного процесса. С 1913 года Мраковское медресе было преобразовано в татаро-башкирскую начальную школу, одной их первых учителей которой была Гарифабану Исмагиловна Абдуллина. В 1917-1919 гг. в школе работал Хуснулгата Аглиевич Хамитов.
После установления Советской власти учителя будущей башкирской средней школы села Мраково осваивали новые принципы обучения и воспитания учащихся, во время летних отпусков посещали краткосрочные педагогические курсы. В первый период не хватало учебно-наглядных пособий, учебников, письменных принадлежностей. Хамитову Хуснулгате Аглиевичу, заведовавшему начальной школой с 1924 по 1926 гг., помогали сестры Абдуллины Гарифабану и Зайнапбану. Последняя в этой школе работала учительницей с 1923 по 1928 г.
В 1922/23 учебном году впервые были изданы букварь и отдельные учебники на башкирском языке. На основе арабского алфавита была разработана башкирская письменность. Все это, начиная с 1924/25 учебного года, дало возможность перехода на обучение на родном башкирском языке.В школу стали приезжать новые учителя. Одним из первых в 1925 году прибыл Нигматуллин Миргасим. К 1927 году школа уже имела 1—4 классы. В эти же годы создавались пионерские организации.
В 1933/34 учебном году был открыт первый башкирский 5 класс. Был заложен переход школьного обучения ко II ступени. В 1935/36 учебном году школа отделилась от Мраковской средней школы № 1 и стала самостоятельной башкирской семилетней школой.
В начале 50-х годов было построено типовое школьное здание на 160 ученических мест по проекту начальной школы. В этом здании башкирская школа функционировала уже как средняя. В микрорайон школы были включены Бикбулатовская, Юлдыбаевская, Нукаевская, Саиткуловская, Альмясовская, Ибраевская семилетние школы. В школе учились дети из самых далеких деревень, таких как Тляумбетово, Таваканово.
Новое здание на 340 мест было сдано в эксплуатацию в 1989 году. В 1996 году построен типовой интернат на 120 мест.
С 1971 года Мраковская башкирская школа стала называться Мраковской средней школой № 2.
Как известно, Указом Президиума Верховного Совета Башкирской АССР от 29 марта 1940 года было установлено почетное звание «Заслуженный учитель школ Башкирской АССР». Одним из первых учителей башкирской средней школы был удостоен этого почетного звания Надыров Усман Гумерович в 1947 году. Затем он был награжден орденом Трудового Красного Знамени. В школе работали Алсынбаев Салих Кунакбаевич -заслуженный учитель РСФСР и Башкирской АССР, Байгильдина Роза Хасановна - учитель математики, удостоенная почетного звания «Заслуженный учитель РСФСР» и знака «Отличник просвещения РСФСР». Заслуженными учителями Республики Башкортостан являются Филиппова Варвара Михайловна, Алсынбаева Раиса Федоровна, Шамсутдинова Лена Гильметдиновна, Хамидуллин Васим Ахмедович. Шестнадцать учителей награждены значком «Отличник народного образования». О работе учителей этой школы можно сказать очень много добрых слов.
Школа многим обязана Шамсутдиновой Лене Гильметдиновне. Она в данной школе проработала 28 лет. Многие годы проработали Баимова Н. Г., Абдуллина К. 3. (учителя математики), Чулина Ф. Н. (географ), Мухамадеева Р. М., Ахмерова В. И. и Нуриева Г. 3. (учителя родного языка и литературы), Хамитова Р. Г. (учитель иностранного языка), Валидова Р. Г. (математик), Бакиева 3. К. (учитель физкультуры), Чулин А. Т. (учитель военного дела), а также Равилова К. И., Камалетдинова А. К. и др.
Директорами школы работали: Кайбышев И. Г. (1952-1953), Хамидуллин Васим Ахмедович (1953-1954), Фаритов Хабир Салаватович (1955-1957), Ишмаев Анас Латфуллович (1957), Алсынбаев Салих Кунакбаевич (1958-1973), Кунакбаев Миннигали Газзалович (1973-1974), Абдуллин Рашит Файзрахманович (1974-1992). С 1992 года директором школы, ставшей гимназией, работает Шаяхметов Хабир Валеевич.
Заведующими учебной частью школы работали: Камалетдинов А. К., Фаритов Ф. С., Хамидуллин В. А., Нигматуллина Н. 3., Губайдуллина Г. X., Ишкильдина Г. Р., с 1997 года-Кутлугужина Ф. X. За последние годы коллектив значительно обновился. В школе работают 20 учителей с большим стажем. Они являются ядром коллектива в организации учебно-воспитательного процесса. В школе работают учителя, которые удостоены звания «Старший учитель»: Петайкин В. А., Ильмухаметова А. С., Хамидуллин Р. В., Иванова Л. В., Азнагулова М. Г., Арсланова Н. И.
В 1996/97 учебном году Мраковская средняя школа № 2 реорганизована в Мраковскую башкирскую гимназию.
Ныне в прогимназические и гимназические классы дети принимаются на конкурсной основе по итогам приемных экзаменов. В них обучение ведется в начальных классах на башкирском языке, начиная с 5 класса обучение по отдельным предметам проводится на русском языке. Дети получили возможность получить более углубленное образование по выбору (т.е. по профилям). В настоящее время в школе обучается 621 ученик (всего 37 класс-комплектов). Имеются гимназические, башкирские общеобразовательные (4-11), русские (1-11) классы. Их обучают 64 учителя, из них с высшим образованием - 54 (84,25%). Имеют высшую категорию 2, первую - 43, вторую -5 учителей.
Учащиеся постоянно занимают призовые места на районных предметных олимпиадах, активно поступают в вузы и техникумы, подтверждая свои глубокие знания.
В свое время школу окончили такие выдающиеся личности, как Саитбатталов Г. Г. -доктор филологических наук, профессор БГУ, Мухаметов Р., Шагаров И. - кандидаты медицинских наук, среди выпускников много заслуженных работников в разных отраслях народного хозяйства и культуры, как, например, Сагитов Н. А., Ташбулатов А., Гайсин Ч. А. и др.
