Наличие на территории Кугарчинского района лесной, лесостепной и степной зоны предопределяет многообразие растительности.
По характеру растительного покрова западная часть района относится к лесостепной зоне и характеризуется распространением луговых степей и островков лиственных лесов, которые занимают около 20% территории.

Луговые и разнотравно-злаковые степи с уклонами до 5 градусов распаханы или используются как сенокосы и пастбища. Естественный травостой сохранился местами по крутым склонам и у опушек леса. Он состоит из ковылей перистого, волосатика и узколистного типчака. Разнотравье района представляют люцерна степная, клевер горный, чабрец Маршалла, шалфей степной, многочисленные полыни и лапчатки, в луговых степях - девясил, горицветы, лабазник, гвоздики и др.

На территории Кугарчинского района произрастает масса редких растений, нуждающихся в специальных мерах охраны: келерия жестколистная, астра альпийская, сон-трава, пижма уральская, василек русский и Маршалла, остролодочник колосистый, остролодочник Гмелина, копеечник Разумовского, серпуха Гмелина, истод сибирский, скабиоза исетская, овсяница высочайшая, можжевельник казацкий, астрагал Карелина и другие. Многие из них являются реликтами и эндемиками, включены в Красные книги Башкортостана и России.

Леса района находятся в ведении Кугарчинского лесхоза, и только незначительная часть колочных лесов находится в ведении колхозов и сельских администраций. Леса расположены неравномерно, восточную часть района покрывает сплошной лесной массив, а западная часть представлена отдельными лесными участками, расположенными среди сельхозугодий, и пойменными лесами.

Территория Кугарчинского лесхоза по лесорастительному районированию отнесена к горно-лесной зоне широколиственных лесов западного склона Южного Урала. Основные лесообразующие породы для данной местности: береза, дуб, липа, клен, осина; для восточной части кроме этих пород - сосна и лиственница. Кроме этих пород произрастают:вяз, ильм, ольха серая и черная; из кустарников: черемуха, рябина, калина, крушина, жостер, шиповник, боярышник, чилиговые, можжевельник и др. На территории района в нескольких местах произрастает лесная яблоня, много зарослей малины, смородины, ежевики.